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沙眼衣原体感染与淋病有非常密切的关系。淋病最常伴发沙眼衣原体感染，约有三成的淋病患者合并有沙眼衣原体感染。
1) 淋病对衣原体感染起着激活与促进的作用。淋病患者的沙眼衣原体的分离率也明显高于不合并淋病的人群。实验研究表明，淋病双球菌的存在使沙眼衣原体在尿道的复制能力提高100倍。
2) 淋病双球菌还对沙眼衣原体的复发起到加速作用。有人报道，沙眼衣原体感染引起的尿道炎复发者，约半数合并有淋病。
3) 此外，无论在淋病治疗前，还是治疗后，均可检测出沙眼衣原体，其原因可能是沙眼衣原体感染一方面来源于性伴，或者衣原体感染潜伏期较长。
因此，在对淋病患者进行检验的同时或淋病治疗后仍有症状的患者有必要作沙眼衣原体检测，在淋病治疗的同时或治疗后仍有症状时，应考虑对沙眼衣原体进行治疗。
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